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Junko Yamane, Ph.D.

fujibuchi

Current Job:
Postdoctoral Researcher
Center for iPS Research and Application (CiRA)
Kyoto University
53 Kawahara-cho, Shogoin, Sakyo-ku, Kyoto 606-8507, JAPAN
Email: yamane-j (a) cira.kyoto-u.ac.jp

Education and Job Career
2012.4- Researcher, Center for iPS Research and Application, Kyoto University
2010.4-2012.3 Post-doctoral fellow, Center for Disease Biology and Integrative Medicine, Graduate School and Faculty of Medicine, The University of Tokyo
2009.4-2010.3 Post-doctoral fellow, Health Research Institute, AIST
2008.1-2009.3 Post-doctoral fellow, Hyogo College of Medicine
2007.6-2007.12 Technical staff, Hyogo College of Medicine
2006.4-2007.3 Researcher, Kyoto Prefectural University of Medicine
2007.11 Ph.D. Medicine, Kyoto University
2002.3 M.S. Biology, Kobe University
2000.3 B.S. Biology, Kobe University

Publications
【Reviewed Publications】*...Corresponding

  1. Down regulation of matrix metalloproteinase-9 mRNA by valproic acid plays a role in inhibiting the shedding od MHC class I-related molecules A and B on the surface of human osteosarcoma cells, Yamanegi, K*., Yamane, J*., Kobayashi, K., Ohyama, H., Nakasho, K., Yamada, N., Hata, M., Fukunaga, S., Futani, H., Okamura, H., and Terada, N., Oncol. Rep., 28(5): 1585-1590 (2012).
  2. Valproic acid cooperates with hydralazine to augment the susceptibility of human osteosarcoma cells to Fas- and NK cell-mediated cell death, Yamanegi, K*., Yamane, J*., Kobayashi, K., Kato-Kogoe, M., Ohyama, H., Nakasho, K., Yamada, N., Hata, M., Fukunaga, S., Futani, H., Okamura, H., and Terada, N., Int. J. oncol., 41(1) : 83-91 (2012).
  3. Effects of methylmercury exposure on neuronal differentiation of mouse and human embryonic stem cells, He, X., Imanishi, S., Sone, H., Nagano, R., Qin, XY., Yoshinaga, J., Akanuma, H., Yamane, J., Fujibuchi, W., and Ohsako, S., Toxicol. Lett., 212(1) : 1-10 (2012).
  4. Prediction of Chemical Toxicity by Network-based SVM on ES-cell Validation System, Fujibuchi, W., Aburatani, S., Yamane, J., Imanishi, S., Akanuma, H., Sone, H., and Ohsako, S., The Proceedings of the 2011 Joint Conference of CBI-Society and JSBi, Kobe (2011).
  5. Formation of microvilli and phosphorylation of ERM family proteins by CD43, a potent inhibitor for cell adhesion: cell detachment is a potential cue for ERM phosphorylation and organization of cell morphology, Yamane, J., Ohnishi, H., Sasaki, H., Narimatsu, H., Ohgushi, H. and Tachibana, K., Cell Adh. Migr. 5(2): 119-132 (2011).
  6. Sodium valproate, a histone deacetylase inhibitor, augments the expression of cell-surface NKG2D ligand, MICA/B, without increasing its soluble form to enhance susceptibility of human osteosarcoma cells to NK cell-mediated cytotoxicity, Yamanegi, K*., Yamane , J*., Kobayashi, K., Kato-Kogoe, N., Ohyama, H., Nakasho, K., Yamada, N., Hata, M., Nishioka, T., Fukunaga, S., Futani, H., Okamura, H., and Terada, N., Oncol. Rep., 24(6): 1621-1627 (2010).
  7. The involvement of IL-23 and the Th17 pathway in periodontitis,Ohyama, H., Kato-Kogoe, N., Kuhara, A., Nishimura, F., Nakasho, K., Yamanegi, K., Yamada, N., Hata, M., Yamane, J., and Terada, N., J. Dent. Res., 88(7): 633-638 (2009).
  8. Sodium valproate, a histone deacetylase inhibitor, decreases the secretion of soluble Fas by human osteosarcoma cells and increases their sensitivity to Fas-mediated cell death,Yamanegi, K*., Yamane, J*., Hata, M., Ohyama, H., Yamada, N., Kato-Kogoe, N., Futani, H., Nakasho, K., Okamura, H., and Terada, N., J. Cancer Res. Clin. Oncol., Jul;135(7):879-89, (2009).
  9. Chloride-dependent acceleration of cell cycle via modulation of Rb and cdc2 in osteoblastic cells, Maki, M., Miyazaki, H., Nakajima, K., Yamane, J., Niisato, N., Morihara, T., Kubo, T., and Marunaka, Y., Biochem. Biophys. Res. Commun., Oct 5;361(4):1038-43 (2007).
  10. Functional involvement of TMF/ARA160 in Rab6-dependent retrograde membrane traffic, Yamane, J., Kubo, A., Nakayama, K., Yuba-Kubo, A., Katsuno, T., Tsukita, S., and Tsukita, S., Exp. Cell Res., Oct 1; 313(16): 3472-85 (2007).
【Books】
  1. 森智弥、藤渕航「精密細胞分類に基づく幹細胞・分化細胞の評価」実験医学増刊34(17):174-180、羊土社2016.
  2. 桜井都衣、藤渕航「iPS細胞と元素周期表の密接な関係」海洋化学研究29(1):17-23、海洋化学研究所2016.
  3. 加藤有己、桜井都衣、藤渕航「ヒト細胞からのビッグデータの情報管理と情報解析技術」ビッグデータの収集、調査、分析と活用事例, pp.249-254, 技術情報協会2014.
  4. 植田充美／監　藤渕航、他「iPS細胞からのビッグデータの情報セキュリティと創薬、医療への活用」生命のビッグデータ利用の最前線, pp.176-184、シーエムシー出版 2014.
  5. 秋山徹／監　藤渕航、井元清哉、河府和義／編「バイオ実験に絶対使える　統計の基本　Q&A」羊土社2012.
  6. 千葉啓和、藤渕航「細胞情報解析に役立つツール―幹細胞研究の進展とその創薬応用に向けて」実験医学28(19): 3171-3174、羊土社2010.
  7. Kato, T., and Fujibuchi, W., "Kernel classification methods for cancer microarray data", Medical Biostatistics for Complex Diseases, WILEY-VCH, Weinheim, Germany 2010.
  8. 藤渕航「シミュレーテッドアニーリングによる多重プライマー配列デザイン法」、シングルセル解析の最前線、シーエムシー出版 2010.
  9. *Fujiubchi, W., Kim, H., Okada, Y., Taniguchi, T., and Sone, H., "High-performance gene expression module analysis tool and its application to chemical toxicity data", Methods in Molecular Biology, vol. 577: 55-65, Humana Press Inc., U.S.A. 2009.
  10. 「マイクロアレイ データ統合解析プロトコール」藤渕 航／堀本 勝久（編）, 羊土社（2008）.
  11. 「GSEAによるマイクロアレイデータからの遺伝子機能セットの探索法」, 藤渕 航, 岡田 吉史, 実験医学、羊土社, 25-26, 2007.
  12. 「バイオデータベースとウェブツールの手取り足取り利用法」「GEO」,岡田 吉史, 藤渕 航,羊土社, 150-156, 2007.
  13. 「極大２部クリーク列挙法による遺伝子発現モジュールの抽出」, 岡田 吉史, 藤渕 航, Horton Paul, IPSJ SIG Technical Report,2006-BIO-6, 17-23, 2006.
  14. 「細胞の知識ベース開発と遺伝子発現プロファイルによる細胞種と特徴予測」, 藤渕 航, Larisa Kiseleva, 谷口丈晃, Paul Horton, IPSJ SIG Technical Report, 2005-BIO-2, 33-37, 2005.
  15. 「タンパク質分析（研究）超基本Q＆A,Q94 タンパク質の相互作用をインターネットで調べたい」,藤渕 航,羊土社, 2005.
  16. 「ゲノム研究実験ハンドブック,第２章生物学データベース ７．遺伝子発現プロファイルデータベースGEOデータベース」, Polouliakh Natalia, 藤渕 航,羊土社, 2004.
  17. 「遺伝子クラスター解析」藤渕 航, 金久 實, 数理科学別冊, 2001.
  18. 「遺伝子クラスター解析」藤渕 航, 金久 實, 数理科学、432, 12-18, 1999.
  19. 「ゲノムネットのデータベース利用法（第２版）」第二章, 藤渕 航, 共立出版、1998.
  20. 「遺伝子・ゲノム百科辞典」藤渕 航, 金久 實, 遺伝子医学、1(2), 119-124, 1997.
  21. 「ゲノムネットのデータベース利用法」第一章, 第三章, 藤渕 航, 共立出版、1996.
  22. 「インターネットを利用した遺伝情報検索システム最前線」中井謙太, 藤渕 航, 薬学図書館, 41(4), 359-364, 1996.
【Patents】
  1. DNAメチル化解析のための試料調整方法, 藤渕　航(50)、山根　順子(50),特願：2015-242932、京都大学、2015.12.14.
  2. 細胞画像判定装置、方法、並びにプログラム, 藤渕 航(30)、千葉　啓和(40)、富永大介(30), 特願2012-071376, 産業技術総合研究所, 2012.3.27
  3. 核酸標準物質検出用プローブの設計方法、核酸標準物質検出用プローブ及び当該核酸標準物質検出用プローブを有する該酸検出系, 藤渕 航(40)、関口 勇地(20)、秋山英雄(30)（JMAC）、的場亮(10)（JMAC）特願2010-113343、産業技術総合研究所、バイオチップコンソーシアム2010.05.17
  4. 「プライマーセット探索装置、方法およびプログラム」, 藤渕　航(50)、千葉　啓和(50), 特願2009-212703, 2009.9.15
  5. 遺伝子発現モジュール探索装置、遺伝子発現モジュール探索方法及び遺伝子発現モジュール探索プログラム、岡田吉史(50)、藤渕航(50), 特願2007-320636、産業技術総合研究所2007.12.12
  6. 細胞輪郭抽出装置、細胞輪郭抽出方法およびプログラム，藤渕 航(100)，特願2006-331416、産業技術総合研究所、2006.12.08
  7. 遺伝子発現プロファイル比較装置，Horton Paul(75)、藤渕 航(25)，特願2005-236198、産業技術総合研究所、2005.08.17
  8. 生物学的情報処理装置、生物学的情報処理方法および生物学的情報処理プログラム，加藤 毅(70)、藤渕 航(30)，特願2005-235562、産業技術総合研究所、2005.08.15
  9. 遺伝子発現プロファイル検索装置、遺伝子発現プロファイル検索方法およびプログラム，藤渕 航(75)、Horton Paul(25)，特願2004-280257、産業技術総合研究所、2004.09.27
【International Patents】
  1. ＤＮＡメチル化解析のための試料調製方法,藤渕航(50)、山根順子(50),特願：PCT/JP2016/087100、京都大学、2016.12.13.
  2. 核酸標準物質検出用プローブの設計方法、核酸標準物質検出用プローブ及び当該核酸標準物質検出用プローブを有する該酸検出系, 藤渕 航(40)、関口 勇地(20)、秋山英雄(30)（JMAC）、的場亮(10)（JMAC）PCT/JP2011/061310、産業技術総合研究所、バイオチップコンソーシアム2011.05.17
  3. 遺伝子発現プロファイル検索装置、遺伝子発現プロファイル検索方法およびプログラム，藤渕 航(75)、Horton Paul(25)，11/235150（米国）、産業技術総合研究所2005.09.27