新着情報｜京都大学iPS細胞研究所未来生命科学開拓部門藤渕研究室

2022

2022.3.28 論文妻木研究室との共著論文がBiomaterialsにアクセプトされました。
タイトル:「Human iPS cell-derived cartilaginous tissue spatially and functionally replaces nucleus pulposus」
2022.03.19 講演藤渕教授が第21回日本再生医療学会総会（2022年3月17日-19日）にて講演を行いました。演題：「iPS細研究におけるデジタルトランスフォーメーション (DX)」
2022.02.10 学会 D2のLanさんがCiRA国際シンポジウム2022（2022年2月16日-17日）にてポスター発表を行います。
演題:「Identifying the Minimal Set of Key Developmental Genes by Spatiotemporal Computational Reconstruction of Embryogenesis」
2022.01.04 コンソーシアム幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム2022年度年会（2022年3月1日）が開催されます。

2021

2021.12.17 特許患者由来iPS細胞を用いて脳疾患など疾患タイプに特徴的な遺伝子による疾患リスクの未病予測に関する方法について、特許を申請しました。
特願　2021-205495：疾患発症の可能性の推定を行う遺伝子の選別方法及び疾患発症の可能性を推定する方法
2021.10.29 学会山根研究員、和田研究員、D2のLanさんがISSCR/JSRM International Symposium Virtual（2021年10月27日-29日）にてポスター発表を行いました。
演題はこちら
2021.10.15 講演藤渕教授と山根研究員が幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム第三回scChemRISC研究会（2021年10月12日）にて講演を行いました。演題：「scChemRISCの紹介」、演題：「ヒトES・iPS細胞を用いた化学物質毒性予測系の成人毒への適用」
2021.10.05 学会山根研究員がトーゴーの日シンポジウム2021（2021年10月5日）にてポスター発表を行いました。演題：「幹細胞データベース“SKIP”と細胞分類ソリューション“SHOGoiN”」
2021.08.20 学会山根研究員が２０２１年日化協LRI研究報告会（2021年8月20日）にて発表を行いました。演題:「ヒト幹細胞試験による迅速・正確・低コストの化学物質ハザードＡＩ評価法の開発」
2021.08.04 コンソーシアム幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム第三回scChemRISC研究会（2021年10月12日）が開催されます。
2021.07.12 研究会第３回幹細胞情報学研究イニシアチブ研究会「単一細胞空間生物学の新展開」（2021年7月12日）が開催されました。
2021.07.09 学会藤渕教授、山根研究員が第48回日本毒性学会学術年会（2021年7月7日-9日）にて発表を行いました。演題:「ヒトES細胞/iPS細胞を用いた毒性反応データベースによる化学物質評価」、「ヒトES細胞を用いた化学物質毒性予測系の成人毒への適用」
2021.07.05 論文山下研究室との共著論文がiScienceに掲載されました。
[Title] AMPK activation reverts mouse epiblast stem cells to naïve state
2021.06.01 掲載 2021日本薬学会編「THE創薬・少資源国家にっぽんの生きる道」の「近未来の創薬に向けた最新研究・ビッグデータと人工知能を用いる創薬」の中で当研究室の研究が紹介されました。
2021.04.22 学会外国人共同研究者の陳さんがPSConf 2021（2021年4月22日）にて口頭発表を行いました。演題:「Application of Artificial Intelligence and Machine Learning in Stem Cell Data Mining」
2021.04.21 学会第2回メディカルイノベーション大学院プログラム医薬系研究交流サロン（2021年4月19日-21日）にて、山根研究員が口頭発表、D3のShinwariさん、D2のLanさん、Beradさんがポスター発表を行いました。
2021.04.16 学会山根研究員が幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC2021年度年会（2021年4月16日）にてポスター発表を行いました。演題:「Human ES and iPS cells display less drug resistance than differentiated cells, and naïve-state induction further decreases drug resistance」
2021.04.16 講演藤渕教授が幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC2021年度年会（2021年4月16日）にて講演を行いました。演題:「毒性予測システム開発委員会報告」
2021.04.16 コンソーシアム幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC2021年度年会（2021年4月16日）を開催しました。
2021.03.19 論文藤渕教授らの論文がStem Cell Reportsに掲載されました。
[Title] Integrated Collection of Stem Cell Bank Data, a Data Portal for Standardized Stem Cell Information
関連サイト：世界中で樹立されたiPS細胞の数や疾患の種類が明らかに（2021年3月19日）
2021.03.13 学会第20回日本再生医療学会総会（2021年3月11日-13日）にてブース出展を行いました。
2021.03.01 論文藤渕教授らの論文がThe Journal of Toxicological Sciences に掲載されました。
[Title] Human ES and iPS Cells Display Less Drug Resistance Than Differentiated Cells, and Naïve-State Induction Further Decreases Drug Resistance
2021.01.07 学会 D2のShinwariさんがPacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2021（2021年1月5日-7日）にてポスター発表を行いました。演題：「scMontage: Fast and Robust Gene Expression Similarity Search for Massive Single-cell Data.」

2020

2020.12.01 コンソーシアム幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC2021年度年会（2021年4月16日）が開催されます。
2020.11.30 学会 D2のShinwariさんがThe 19th International Conference on Bioinformatics (InCoB 2020)（2020年11月25日-29日）にてポスター発表を行いました。演題：「scMontage: Fast and Robust Gene Expression Similarity Search for Massive Single-cell Data.」
2020.10.22 講演藤渕教授がHuman Cell Atlas Asia Meeting 2020（2020年10月22日-23日）にて講演を行いました。演題「E-SPRESSO: Self-organization-map (SOM) based 3D-tissue reconstruction from scRNA-seq data」
2020.10.05 学会山根研究員がトーゴーの日シンポジウム2020（2020年10月5日）にてポスター発表を行いました。演題：「再生医療研究をサポートする幹細胞データベース"SKIP"と細胞分類のソリューション "SHOGoiN"」
2020.09.15 論文藤渕教授らの論文がNPJ Experimental & Molecular Medicine に掲載されました。
[Title] Human Cell Atlas and Cell Type Authentication for Regenerative Medicine
2020.08.21 学会山根研究員、藤渕教授が2020年日化協LRI研究報告会（2020年8月21日）にて発表を行いました。演題：「ヒト幹細胞試験による迅速・正確・低コストの化学物質ハザードAI評価法の開発」
2020.07.20 コンソーシアム幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC2020年度年会（2020年7月17日）を開催しました。
2020.07.01 プレス「AIを用いた細胞データ解析」に関し、日本アイ・ビー・エム株式会社との共同研究に向けた検討に関する覚書を締結しました。
関連サイト：AIを用いた細胞データ解析に関する共同研究の検討を日本IBMと開始（2020年7月1日）
2020.06.09 コンソーシアム幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC2020年度年会がオンライン開催に変更となりました。
2020.05.29 学会第19回日本再生医療学会総会（2020年5月18日-29日）にてブース出展を行いました。
2020.04.14 研究当研究室内にシングルセル解析支援室を開室しました。
2020.03.17 コンソーシアム幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC2020年度年会が7月17日開催に変更となりました。
2020.03.06 講演藤渕教授が情報計測クラスタ1会議（2020年3月6日）にて講演を行いました。演題：「情報計測基礎セミナー：ＡＩと幹細胞を用いた創薬・三次元組織再構築への応用例」
2020.01.31 学会山根研究員、Panina研究員、D3の陳さんが京都大学メディカルイノベーション卓越大学院プログラム医学系研究交流サロン（2020年1月28日-31日）にてポスター発表を行いました。
2020.01.24 講演藤渕教授が第413回CBI学会講演会（2020年1月24日）にて講演を行いました。演題：「国際プロジェクトHuman Cell Atlasの全体概要」

2019

2019.11.29 学会山根研究員、Panina研究員、D3の陳さん、元インターン生のLanさん、元特別聴講学生の津田さんがCiRA 2019 International Symposium（2019年11月27日-29日）にてポスター発表を行いました。
2019.11.27 講演藤渕教授が「予防を科学する炎症細胞社会学」第１回国際シンポジウム（2019年11月26-27日）にて、講演を行いました。演題：「AI and informatics methods for analysis of cell types and states」
2019.11.22 講演藤渕教授が日本動物実験代替法学会第32回大会（2019年11月20日-22日）にて講演を行いました。
演題：「代替法としてのヒト幹細胞への大きな期待-その驚くべき潜在能力」
演題：「国際幹細胞バンクの概要と細胞標準化の基礎となるヒト細胞アトラス」
2019.11.16 講演藤渕教授がPharmacy of University研究会（2019年11月16日）にて、講演を行いました。演題：「iPS細胞を用いた薬剤作用ターゲットの予測システム」
2019.11.12 学会藤渕教授がHuman Cell Atlas Asia Meeting 2019（2019年11月10日-11日）に参加しました。
2019.10.16 コンソーシアム幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムの第2回scChemRISC研究会・講演会（2019年10月16日）を開催しました。
2019.10.08 講演藤渕教授が近畿経済産業局　関西再生医療産業コンソーシアム(KRIC)基礎セミナー（2019年10月7日）にて、講演を行いました。演題：「AIと幹細胞を用いた創薬・再生組織検査事業への応用例」
2019.10.05 学会山根研究員がトーゴーの日シンポジウム2019（2019年10月5日）にてポスター発表を行いました。演題：「1細胞解析に有効なヒト細胞情報データベース "SHOGoiN"」
2019.10.04 研究会藤渕教授がJSBi研究会「第2回幹細胞情報学イニシアチブ研究会」（2019年10月4日）を主催しました。
2019.10.01 講演藤渕教授が第5回日中健康食品産業市場研究フォーラムにて講演を行いました。演題：「幹細胞を用いた化学物質の毒性リスク情報共有化プロジェクト」
2019.09.27 講演藤渕教授がthe Korean ISCBI Symposium and Workshop（2019年9月24日-25日）にて講演を行いました。演題：「Japanese stem cell registry (SKIP) and international activities on integration (ICSCB) and QC (ICTAC) of cell data with MIACARM guidelines」
2019.09.24 研究会ベルリンにて9月16日-18日に開催されましたベルリン医科大学との共同研究のワークショップに参加しました。
2019.09.17 学会 D3の陳さん、学部生の澤田さんが日本バイオインフォマティクス学会2019年年会第8回生命医薬情報学連合大会IIBMP2019（2019年9月9日-11日）にてポスター発表を行いました。
演題：「Discovery of cell-type-specific biological processes for disease modeling」（陳）「Estimation of the Whole Mouse Cel Types」（澤田）
2019.08.30 学会 Panina研究員、藤渕教授が2019年日化協LRI研究報告会（2019年8月30日）にてポスター発表を行いました。演題：「ヒト幹細胞試験による迅速・正確・低コストの化学物質ハザードAI評価法の開発」
2019.08.29 論文藤渕教授らの論文がScientific Reports に掲載されました。
[Title] Novel computational model of gastrula morphogenesis to identify spatial discriminator genes by self-organizing map (SOM) clustering
2019.07.02 学会 D3の陳さんがISSCR Annual Meeting 2019（2019年6月26日-29日）にてポスター発表を行いました。演題：「Integrated Collection of Stem Cell Bank data (ISCB) by MIACARM」
2019.05.29 学会藤渕教授がヒト細胞アトラス東京会議（2019年5月23日-24日）に参加しました。
2019.05.29 研究会 D3の陳さんが新学術領域【予防を科学する炎症細胞社会学】2019年度若手ワークショップ（2019年5月22日-23日）に参加しました。
2019.05.29 学会山根研究員、D3の陳さん、学部生の澤田さんがEMBO Single-cell Workshop（2019年5月20日-22日）にてポスター発表を行いました。
2019.05.29 講演藤渕教授がEMBO Single-cell Workshop（2019年5月20日-24日）にて講演を行いました。演題：「International Stem Cell Banking Initiative and Cell Type Authentication」
2019.05.21 研究会藤渕教授がJSBi研究会「幹細胞情報学イニシアチブの設立」（2019年5月10日）を主催しました。
2019.05.21 研究会ベルリン医科大学との共同研究のワークショップJapan-Germany International Workshop 2019-1 The Human Cell Type Authentication Initiative”を5月15日〜17日に実施しました。
2019.04.18 学会藤渕教授がscientific committeeを務めている第20回国際システムバイオロジー会議（2019年11月1日-5日）が開催されます。
2019.03.23 学会第18回日本再生医療学会総会（2019年3月21日-23日）で「細胞統合データベース」のデスクを出しました。
2019.03.20 プレス Stemcell Knowledge & Information Portalが当研究室に移管されました。（2019年2月22日）
関連サイト：世界の研究用iPS細胞１万件を検索できるウェブサイトを開設（2019年3月20日）
2019.03.12 講演藤渕教授が京都府京大オフィス産学連携セミナーデータサイエンスと未来〜AIが拓く科学技術と産学連携〜（2019年3月12日）にて講演を行いました。演題：「幹細胞デバイスと機械学習による毒性予測システム開発コンソーシアム」
2019.02.15 コンソーシアム幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムの2019年度年会・シンポジウム（2019年2月15日）を開催しました。

2018

2018.12.11 講演藤渕教授がiPS細胞ビジネス協議会第30回情報交換会（2018年12月11日）にて講演を行いました。演題：「幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISCへの招待」
2018.12.10 講演藤渕教授が日本製薬工業協会医薬品評価委員会第127回基礎研究部会総会（2018年12月10日）にて講演を行いました。演題：「幹細胞と機械学習を用いた化学物質の安全性評価」
2018.11.13 講演藤渕教授がHCA Asia Meeting 2018（2018年11月11-13日）にて発表を行いました。演題：「Quality Assessment of Stem and Differentiated Cells for Regenerative Medicine by International Stem Cell Bank Initiative」
2018.10.09 講演藤渕教授がCBI学会2018年大会（2018年10月9-11日）のフォーカストセッションにて発表を行いました。演題：「幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISCへの招待」
2018.10.05 学会 D2の陳さんがトーゴーの日シンポジウム2018（2018年10月5日）でポスター発表をしました。演題：「SHOGoiN：1細胞解析に有効なヒト細胞情報データベース」
2018.10.02 研究会ベルリンにて10月1日-2日に開催されましたベルリン医科大学との共同研究のワークショップに参加しました。
2018.10.02 論文山根研究員の論文が谷本学校　毒性質問箱に掲載されました。
タイトル：「ヒトES細胞を用いた高精度な化合物毒性予測」
2018.09.26 学会 D3の小櫻さんと高橋さん、D2の陳さんが第7回生命医薬情報学連合大会（2018年9月19日-21日）でポスター発表をしました。演題：「遺伝子モジュールに基づく細胞間類似度算出法の開発」（小櫻）、「遺伝子発現データと転移学習を用いた畳み込みニューラルネットワークによる小規模データセットのための毒性予測システム」（高橋）「Body-wide Tissue Analysis to Identify Differential And Core Epithelial Transcriptome 」（陳）
2018.09.26 学会 D3の小櫻さんと高橋さんが第55回バイオ情報学研究会（2018年9月18日）で口頭発表を行いました。演題：「遺伝子モジュールに基づく細胞間類似度算出法の開発」（小櫻）、「少ない遺伝子発現データを活用するための畳み込みニューラルネットワークと転移学習による毒性予測システム」（高橋）
2018.07.18 講演藤渕教授が第45回日本毒性学会学術年会（2018年7月18-20日）で講演を行いました。演題：「幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム(scChemRISC)の活動」
2018.06.30 講演山根研究員がNHK文化センター京都教室「1からわかるiPS細胞」で6月30日にレクチャーを行いました。演題：「幹細胞を使って化学物質の毒性を予測する」
2018.06.25 講演藤渕教授がISCBI Annual Workshop（2018年6月24-25日）で講演を行いました。
2018.06.23 掲載髙橋さん(D3)の寄稿文がComputational Toxicologyに掲載されました。タイトル:「Stem Cell-Based Methods to Predict Developmental Chemical Toxicity」
2018.06.04 論文東京大学との共著論文がGenes and Environment に掲載されました。
[Title]Does the prenatal bisphenol A exposure alter DNA methylation levels in the mouse hippocampus?: An analysis using a high-sensitivity methylome technique
2018.06.01 論文山根研究員の論文がYAKUGAKU ZASSHI に掲載されました。
タイトル：「ヒトES細胞を用いた高精度の化合物予測システムの構築」
2018.05.25 講演藤渕教授がOPENTOX ASSOCIATION主催のOPENTOX ASIA 2018（2018年5月24-25日）で講演を行いました。演題：「scChemRISC: A Japanese consortium for sharing chemical risk information assessed by gene networks of human stem cells and machine learning」
2018.05.24 学会 D3の高橋さんがOPENTOX ASIA 2018（2018年5月24-25日）でポスター発表をしました。[Title] Deep learning approaches for toxicity prediction of drugs with small-scale gene expression data
2018.05.24 講演藤渕教授がHAB研究機構主催の第25回学術年会（2018年5月24-26日）で講演を行いました。演題：「ヒト未分化細胞を用いた化合物安全性評価予測の実際」
2018.04.23 研究会ベルリン医科大学との共同研究のワークショップJapan-Germany International Workshop 2018-1 The Human Cell Type Authentication Initiative”を4月23日、24日に実施しました。
2018.04.01 プレスシステム・バイオロジー研究機構と幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化に関する共同研究契約を締結しました。
掲載：産経WEST、岩手日報、日本経済新聞、日刊工業新聞
2018.03.22 学会湯地研究員が第17回日本再生医療学会総会で口頭発表しました。演題：「ヒト細胞の明確な分類および細胞認定法の確立」
2018.02.21 学会湯地研究員がメディカルジャパン2018アカデミックフォーラム第5回再生医療産業化展で口頭発表とポスター発表しました。演題：「医療・創薬分野をサポートする統合ヒト細胞情報データベースSHOGoiN」
2018.02.21 掲載山根研究員の寄稿文がILSI JAPAN No.133に掲載されました。タイトル:「ヒトES/iPS細胞を用いた新しい簡易毒性試験とコンソーシアムの実現に向けて」
2018.02.19 論文藤渕教授らの論文がBiochemical and Biophysical Research Communications に掲載されました。
[Title] Human AK2 links intracellular bioenergetic redistribution to the fate of hematopoietic progenitors
2018.02.16 コンソーシアム第一回幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム研究会を開催しました。詳細はこちら
2018.02.09 講演藤渕教授が公開シンポジウム『予防を科学する炎症細胞社会学』で講演しました。演題：「単一細胞レベルでのヒト正常細胞データベースと細胞情報解析の実際」
2018.01.15 掲載山根研究員の研究紹介がCiRA Newsletter Vol.32に掲載されました。
2018.01.09 論文藤渕教授らの論文がStem Cell Reports に掲載されました。
[Title] A Standard Nomenclature for Referencing and Authentication of Pluripotent Stem Cells

2017

2017.12.26 掲載藤渕教授の研究紹介が京都新聞朝刊1面に掲載されました。タイトル:「いのちとの伴走　iPS細胞誕生10年　第6部　変わる生の形⑤」
2017.12.20 論文山根研究員の論文がYAKUGAKU ZASSHIにアクセプトされました。
タイトル:「ヒトES細胞を用いた高精度の化合物予測システムの構築」
2017.12.15 研究会平成29年度　JSBi生命システム理論研究会（AMED再生医療実現拠点ネットワーク併催）を開催しました。
2017.12.01 講演藤渕教授がHCA ASIA MEETING OKINAWA JAPANで講演しました。
[Title] SHOGoiN database
2017.11.06-08 学会森研究員、湯地研究員、D2の小櫻さんと髙橋さんがCiRA 2017 International Symposiumでポスター発表をしました。
演題はこちら
2017.10.27 コンソーシアム 10月27日に「幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化」拡大コンソーシアム説明会を開催しました。詳細はこちら
掲載：京都新聞、毎日新聞
2017.10.20 講演藤渕教授がバイオチップコンソーシアム(JMAC)主催のワーキンググループで講演を行いました。
2017.10.17 講義藤渕教授が京都大学薬学研究科マルチメディア講義室(南部キャンパス)で「バイオインフォマティクス理論(薬学研究科)」の講義を行いました。講義タイトル：「幹細胞と機械学習を用いた化合物発達毒性予測とヒト細胞データベースの活用」
2017.10.05 シンポジウム山根研究員がトーゴーの日シンポジウム2017でポスター発表しました。演題：「1細胞解析に有効なヒト細胞情報データベース「SHOGoiN」」
2017.09.26-29 学会 9月26日にD2の小櫻さんと髙橋さんが情報処理学会第51回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)で口頭発表を、9月28日にD1の陳さんが第6回生命医薬情報学連合大会でポスター発表をしました。演題はこちら
2017.09.15 学会教務補佐員の谷山さんが日本遺伝学会第89回大会で口頭発表しました。演題：「1細胞DNAメチローム解析による細胞個体差のエピジェネティック解析」
2017.09.08 掲載髙橋さん(D2)の寄稿文が医学のあゆみに掲載されました。タイトル:「ES細胞と遺伝子ネットワークを用いた機械学習による毒性予測システム」
2017.09.06 論文宮城県立がんセンターとの共著論文がScientific Reports に掲載されました。
[Title] Long non-coding RNA HOTAIR promotes cell migration by upregulating insulin growth factor-binding protein 2 in renal cell carcinoma
2017.08.18 論文藤渕教授らの論文がSTEM CELLS Translational Medicine に掲載されました。
[Title] Report of the International Stem Cell BankingInitiative Workshop Activity: Current Hurdles andProgress in Seed-Stock Banking of Human PluripotentStem Cells
2017.08.10 シンポジウム短期交流学生（アムジェン・スカラーズ・プログラム）のSappingtonさんがAMGEN SCHOLARS JAPAN SYMPOSIUM 2017でBEST PRESENTATION AWARDを受賞しました。[Title] Improving models of cell type domains with machine learning and scRNA-Seq
2017.08.10 就任藤渕教授が株式会社オリゴジェンの科学アドバイザーに就任しました。
2017.07.19 講義藤渕教授が京都大学学術情報メディアセンターで「計算科学が拓く世界」の講義を行いました。講義タイトル：「生命科学-幹細胞内の遺伝子ネットワーク計算と機械学習により推測される生体情報」
2017.07.14 講演藤渕教授が7月14日にILSI Japan主催の食品リスク研究部会で講演しました。講義タイトル：「ヒトES/iPS細胞を用いた新しい簡易毒性試験とコンソーシアムの実現に向けて」
2017.07.07 講演・シンポジウム藤渕教授が7月7日に理化学研究所主催のシングルセル　サイエンス　シンポジウムで講演とパネルディスカッションをしました。[Lecture title] "SHOGoiN", a Human Cell Type Database Based on Single-Cell Data and Beyond
森研究員が口頭発表を、山根研究員、湯地研究員、D2の小櫻さんと髙橋さんがポスター発表をしました。演題はこちら
2017.06.27-29 学会山根研究員と森研究員が第12回国際ゲノム会議（12AGW）でポスター発表をしました。
演題はこちら
2017.06.19 論文斎藤潤研究室、中畑研究室との共著論文がPLOS ONEに掲載されました。
[Title] Microarray analyses of otospheres derived from the cochlea in the inner ear identify putative transcription factors that regulate the characteristics of otospheres
2017.04.27 掲載藤渕教授の研究紹介がCiRA Reporter Vol.10に掲載されました。
2017.04.15 講演山根研究員が安全性評価研究会　2017年　春のセミナーで講演しました。演題：「ヒトES細胞を用いた高精度な化合物毒性予測」
2017.03.25 講演山根研究員が日本薬学会第137年会で講演しました。演題：「ヒトES細胞を用いた高精度の化合物毒性予測システムの構築」
2017.03.09 論文東京大学との共著論文がBMC Molecular Biologyに掲載されました。
Title: Methylated Site Display (MSD)-AFLP, a sensitive and affordable method for analysis of CpG methylation profiles
2017.02.06 論文山根研究員、桜井研究員、森研究員それぞれの論文がGenomics and Computational Biologyに掲載されました。Titleはこちら
2017.01.18 講義藤渕教授が1月18日に京都大学学術情報メディアセンターで「計算科学が拓く世界」の講義を行いました。講義タイトル：「生命科学-幹細胞内の遺伝子ネットワーク計算と機械学習により推測される生体情報」

2016

2016.12.1,2 講演・学会 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSISで藤渕教授が講演をしました。Title: Stem cell informatics: learning gene networks in human embryonic stem cells for predicting chemical effects on babies
山根研究員と森研究員が口頭発表を、桜井研究員がポスター発表をしました。
演題はこちら
2016.11.17 学会研究生の岡西さんが第19回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS2016)にてポスター発表しました。演題：「カーネル法を用いたサポートベクトル回帰による海洋統合解析」
2016.11.17 学会森研究員がInternational Conference on Single Cell Research 2016にてポスター発表しました。Title: DEVELOPMENT OF 3D-RECONSTRUCTION METHOD FOR MOUSE BLASTOCYST FROM SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME DATA
2016.10.28 掲載藤渕教授と松原教授（京都大学医学部附属病院薬学部）の対談記事がCiRA Newsletter Vol.27および京大病院広報 Voi.110に掲載されました。
2016.10.28 掲載桜井研究員の研究成果がCiRA Newsletter Vol.27に掲載されました。タイトル:「国際幹細胞データガイドライン『MIACARM』の開発」
2016.10.27 講演藤渕教授がCBI学会2016年大会のフォーカストセッョンで講演しました。演題：「研究の全体像 :ベイジアンネットワークと機械学習の組み合わせによる高精度化」
2016.10.21 掲載森研究員の寄稿文が実験医学増刊号に掲載されました。タイトル:「精密細胞分類に基づく幹細胞・分化細胞の評価」
2016.10.20 講演藤渕教授が'Korea National Center for Stem Cell and Regenerative Medicine' & 2016 ISCBI Workshopで講演しました。Title: Efforts to develop minimum information guidelines for stem cell data
2016.9.21 講義藤渕教授が早稲田大学で「生物統計学（10月）」および「バイオインフォマティクス演習（11月）」の講義を行いました。
2016.9.7 学会教務補佐員の谷山さんが日本遺伝学会第88回大会にて口頭発表しました。演題：「マウス胚盤胞を用いた1細胞メチローム解析」
2016.8.23 アウトリーチ山根研究員が理系志望の女子高校生と女性研究員との交流会に参加し、仕事内容を説明しました。
2016.7.29 掲載山根研究員の研究成果がCiRA Newsletter Vol.26に掲載されました。タイトル:「化合物の毒性を予測する新たなしくみ」
2016.7.12 プレス藤渕教授と桜井研究員がStem Cells Translational Medicineに掲載された「国際幹細胞データガイドライン『MIACARM』の開発」について、プレス発表しました。
掲載：京都新聞、産経新聞、日刊工業新聞、京都大学HP
2016.7.12 論文桜井研究員の日米英欧国際共同論文がStem Cells Translational Medicineにonline掲載されました。Title: First Proposal of Minimum Information About a Cellular Assay for Regenerative Medicine (MIACARM)
2016.7.7 論文山根研究員の論文がNucleic Acids Researchに掲載されました。Title: Prediction of Developmental Chemical Toxicity based on Gene Networks of Human Embryonic Stem Cells
2016.6.26 講演藤渕教授がISSCR2016後のCIRMで行われた国際幹細胞バンクイニシアチブ会議で国際再生医療用細胞実験最小情報基準について講演しました。Title: Minimum Information Guidelines for Stem Cell Data Unification
2016.6.23 学会桜井研究員がISSCR2016 Annual Meetingにてポスター発表しました。Title: International collaboration for developing the standardized reporting guideline on cellular assays and global cellular data retrieval system for regenerative medicine
2016.6.15 講演藤渕教授が米国立衛生研究所のIdentifying Key Areas in a Human BioMolecular Atlas (HuBMAP)、NIH Common Fund Planning Workshopでヒト１細胞解析について講演しました。
2016.6.10 プレス藤渕教授と山根研究員がNucleic Acids Researchに掲載された「ES細胞と遺伝子ネットワークを用いた、高精度の化合物毒性予測システムの構築」について、プレス発表しました。
掲載：京都新聞、産経新聞、日本経済新聞、日経バイオテクonline、京都大学HP
2016.5.24 講演藤渕教授が第372回CBI学会講演会「システムバイオロジーの最新動向」で講演しました。演題：「幹細胞と遺伝子ネットワークを用いた構造活性相関を使用しない化合物毒性予測システム」
2016.5.20 論文東北大学との共著論文がCancer Scienceに掲載されました。Title: SERPINI1 regulates epithelial-mesenchymal transition in an orthotopic implantation model of colorectal cancer
2016.4.28 掲載桜井研究員の寄稿文が海洋化学研究に掲載されました。タイトル:「iPS細胞と元素周期表の密接な関係」
2016.3.22,23 学会加藤助教、山根研究員、桜井研究員、森研究員、湯地教務補佐員がCiRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUMにてポスター発表しました。演題はこちら
2016.3.18,19 学会第15回日本再生医療学会総会にて桜井研究員がポスター発表を、教務補佐員の湯地さんと谷山さんが口頭発表をしました。演題はこちら
2016.3.17 学会桜井研究員がSystems Biology: Global Regulation of Gene Expressionにてポスター発表しました。Title: SHOGoiN Database: a database to integrate standardized data and diverse knowledge of cells

2015

2015.12.18 学会山根研究員がPacifichem 2015にて口頭発表しました。演題：Enhanced-scRRBS for Massive Single Cell Methylome Analysis Towards in silico 3D-Reconstructions of Mouse and Human Tissues.
2015.12.9 掲載藤渕教授へのインタビューがPhronesis 14に掲載されました。演題：「iPS細胞が幸せな社会をつくる」
2015.12.8 掲載桜井研究員の寄稿文が海洋化学に掲載されます。タイトル：「iPS細胞と元素周期表の密接な関係」
2015.12.2 講演藤渕教授が第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会BMB2015で講演しました。演題：「幹細胞データベース間における情報共有と1細胞解析データの重要性」
2015.11.27 研究会平成27年度　JSBi生命システム理論研究会（AMED再生医療実現拠点ネットワーク併催）を開催しました。
2015.10.31 学会桜井研究員が生命医薬情報学連合大会2015年大会で口頭発表し、研究奨励賞を受賞しました。演題：Minimum Information Guideline for Regenerative Medicine and Genome Privacy.
2015.10.29-31 学会桜井研究員、技術補佐員の小林さん・岡西さんが生命医薬情報学連合大会2015年大会でポスター発表しました。
2015.9.19 学会教務補佐員の谷山さんが日本動物学会第86回大会2015新潟で口頭発表しました。演題：「マウス初期胚を用いた全個体1細胞解析」
2015.9.15 講演藤渕教授が日経バイオテクプロフェッショナルセミナーで講演しました。演題：「人体を構成する細胞を2000に分類して、創薬スクリーニングに活かす」
2015.9.8 学会桜井研究員がPRIVAGEN 2015でポスター発表しました。演題：Minimum Information Guideline for Regenerative Medicine and Genome Privacy.
2015.7.2 掲載藤渕教授のインタビュー記事が日経バイオテクONLINEに掲載されました。
2015.5 論文バイオチップコンソーシアムとの共著論文がAnalytical Biochemistryに掲載されました。Title: A set of external reference controls/probes that enable quality assurance between different microarray platforms
2015.5.20-22 学会山根研究員が第11回ゲノム会議にてポスター発表を行いました。
2015.2.7 講演藤渕教授が京都化学者クラブで講演しました。演題：「iPS細胞と元素周期表の密接な関係」
2015.1 論文藤渕教授らの論文がPlant Cellに掲載されました。Title: Oil Accumulation by the Oleaginous Diatom Fistulifera solaris as Revealed by the Genome and Transcriptome
2015.1.15-17 学会桜井研究員、山根研究員が第１８回武田科学振興財団生命科学シンポジウムにてポスター発表を行いました。

2014

2014.12.15-17 学会加藤助教・山根研究員・桜井研究員がGIW/ISCB-ASIA2014でポスター展示します。
2014.11 出版加藤助教と桜井研究員の共著書：ビッグデータの収集、調査、分析と活用事例（技術情報協会）「ヒト細胞からのビッグデータの情報管理と情報解析技術」が出版されました。
2014.11.21 講演藤渕教授が第6回平成26年度HPCIセミナーで講演しました。
演題：「幹細胞インフォマティクス」
2014.11.18 研究会日本バイオインフォマティクス学会／生命システム理論研究会「細胞状態の理論的解明に向けて」を開催しました。
2014.11.6 講演藤渕教授と桜井研究員がドイツMainz大学で開催されたWORKSHOP:Cell-focused data: integration, organization and applicationsで講演しました。
2014.9.30 論文藤渕先生の共著論文がPLoS Oneに掲載されました。Title: Tracking Difference in Gene Expression in a Time-Course Experiment Using Gene Set Enrichment Analysis
2014.9.19 学会桜井研究員が第３９回バイオ情報学研究会で「Stem Cell Informatics Database: 多様なヒト細胞情報の統合化を目指したデータベースの構築」の口頭発表を行いました。
2014.6.18-21 学会山根研究員がカナダ・バンクーバーにて開催の第12回国際幹細胞研究会議にてポスター発表を行いました。
2014.4.30 掲載 CMC出版「生命のビッグデータ利用の最前線」に藤渕教授の記事「iPS細胞からのビッグデータの情報セキュリティと創薬、医療への活用」が掲載されました。
2014.4 論文山根研究員、丸山さんの邦文論文「単細胞技術に基づくiPS細胞の標準化」が生体の科学 65(2):154-158 (2014)に掲載されました。
2014.3.18-22 学会藤渕教授、山根研究員、丸山さんがコールドスプリングハーバー研究所(USA)にて開催の学会Systems Biology: Global Regulation of Gene Expressionに参加しました。
山根研究員と丸山さんが、本学会にてポスター発表を行いました。
2014.3.10 講演藤渕教授が第５回ヒトES細胞使用研究倫理研修会で「幹細胞と遺伝子ネットワークを活用した化学物質の毒性評価と細胞分化解析への応用」の講演を行いました。
2014.1.15-18 学会藤渕教授、田中助教、山根研究員が第七回武田科学振興財団薬科学シンポジウムにてポスター発表を行いました。

2013

2013.12.07 講演第18回CiRAカフェFIRSTを開催しました。第18回CiRAカフェでは藤渕教授がゲストスピーカーを担当しました。
2013.9 論文大分大との共著論文がPLoS Oneに掲載されました。Title: Commensal Microbiota Contributes to Chronic Endocarditis in TAX1BP1 Deficient Mice
2013.9.13 研究会 JSBi第２回生命システム理論研究会を開催しました。
2013.9.9-13 学会田中助教と山根研究員が、Bioinformatics week in Odaiba 2013 (BiWO2013)でポスター発表を行いました。
2013.8 論文藤渕先生の共著論文がKnowledge and Information Systems に掲載されました。Title: Pairwise ranking component analysis
2013.8.26 掲載読売新聞（8月26日, 朝刊p15シリーズ「iPS細胞臨床への挑戦」に、藤渕教授記事【「標準細胞」確立目指す】が掲載されました。
2013.7.29 講演藤渕教授が京都バイオ計測センターシンポジウム「生命のビッグデータの解釈とその社会への展開」にて招待講演を行いました。
[演題]ｉＰＳ細胞からのビッグデータの情報管理と再生医療への活用
2013.6.30 論文藤渕先生の共著論文がInternational Journal on Advances in Life Sciences に掲載されました。Title: Inference of Gene Regulatory Networks to Detect Toxicity-Specific Effects in Human Embryonic Stem Cells
2013.6.20 講演藤渕教授がJMAC(特定非営利活動法人バイオチップコンソーシアム)主催、第56回ワーキンググループ会議にて招待講演を行いました。
[演題]幹細胞インフォマティクス
2013.4 論文藤渕先生の共著論文がSystems Biomedicine に掲載されました。Title: The impact of collapsing data on microarray analysis and DILI prediction
2013.4.23 講演田中助教がIBM主催ITイノベーションフォーラムで招待講演を行いました。
[演題]最先端ゲノム研究における現状とIT課題〜iPS細胞によるスマートな再選医療の実現に向けて
2013.3.21 講演藤渕教授が情報処理学会/バイオ情報学研究会SIGBIO（第33回BIO研究発表会）にて依頼講演を行いました。
[演題] iPS細胞研究所(CiRA)の紹介と展望
同研究会にて、田中助教が依頼講演を行いました。
[演題]RNA-seq解析における多群間比較に対応した正規化法
2013.1 論文東北大との共著論文がHepato-Gastroenterology に掲載されました。Title: Infiltration of CD40-positive tumor-associated macrophages indicates a favorable prognosis in colorectal cancer patients
2013.1.15 研究会・講演 JSBi第１回生命システム理論研究会を開催しました。藤渕教授が、京都大学化学研究所シンポジウムで招待講演を行いました。
[演題]幹細胞インフォマティクス

2012

2012.12 論文藤渕先生の共著論文がJournal of Molecular Biology Researchに掲載されました。Title: Inference of Specific Gene Regulation by Environmental Chemicals in Human Embryonic Stem Cells
2012.12 論文東北大学との共著レビューがCarcinogenesisに掲載されました。Title: Splice isoforms as therapeutic targets for colorectal cancer
2012.10.21-26 論文 BEST PAPER AWARD 受賞
イタリアで開催されたGLOBAL HEALTH 2012, The First International Conference on Global Health Challenges　で藤渕教授と油谷先生の論文がBEST PAPER AWARDを受賞しました。
Title: Application of Structual Equation Modeling for Inferring Toxicity-Dependent Regulation in Human Embryonic Stem Cells
2012.11.27-28 学会藤渕教授、田中助教、山根研究員が国際学会International Joint Symposium on Single-Cell Analysisに参加しました。
田中助教と山根研究員が、本国際学会にてポスター発表を行いました。
2012.10.30-11/2 講演藤渕教授がBioinformatics week in Odaiba 2012 (BiWO2012)で招待講演を行いました。
[演題] More Massive Data for Single Cell Informatics and Next Generation Drug Discovery
2012.10 論文東北大学との招待レビューがExperimental Oncologyに掲載されました。Title: Splice variants in apoptotic pathway
2012.10.10 講演藤渕教授が、CiRA Mini-Symposium 2012　-iPS細胞、新しい医学への可能性-にて講演を行いました。
[演題]幹細胞インフォマティクスと新しい創薬毒性予測
2012.09発刊出版藤渕教授が、羊土社より著書を出版しました。
[図書名] バイオ実験に絶対使える　統計の基本Ｑ＆Ａ
2012.7 論文東京大学との共著論文がToxicology Lettersに掲載されました。Title: Effects of methylmercury exposure on neuronal differentiation of mouse and human embryonic stem cells
2012.6 論文東北大学との共著論文がSurgery Todayに掲載されました。Title: Differentiating rectal carcinoma by an immunohistological analysis of carcinomas of pelvic organs based on the NCBI Literature Survey and the Human Protein Atlas database
2012.6.1 コンテスト CAMDAコンテストで口頭発表に採択。
CiRA藤渕研と産総研の合同チームがISMB2012サテライトCAMDA2012大量バイオデータ解析コンテストで口頭発表に採択されました。
2012.4.1 発足藤渕研究室が発足しました。
2012.1 論文東北大学との共著論文がMolecular Science Researchに掲載されました。Title: MiR-126 Acts as a Tumor Suppressor in Pancreatic Cancer Cells via the Regulation of ADAM9